Το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής και Ηλεκτρονικών Συστημάτων διοργανώνει τρίτο κύκλο σπουδών που οδηγεί στην απόκτηση διδακτορικού διπλώματος (PhD), εστιάζοντας στην εκπόνηση πρωτότυπης έρευνας και στην παραγωγή νέας γνώσης. Δυνατότητα παρακολούθησης του τρίτου κύκλου σπουδών του Τμήματος έχουν όσοι έχουν αποκτήσει Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ή μετά την ολοκλήρωση προπτυχιακού προγράμματος σπουδών Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων κατ’ ελάχιστον πενταετούς διάρκειας που αντιστοιχεί σε τριακόσιες (300) πιστωτικές μονάδες του Ευρωπαϊκού συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Ακαδημαϊκών μονάδων (ECTS).
Το Τμήμα διοργανώνει δύο προγράμματα σπουδών:
- ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΤΟΥ ΤΜΗΜΑΤΟΣ, το οποίο απευθύνεται σε απόφοιτους προπτυχιακών προγραμμάτων με 300 μονάδες ECTS και μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών σχετικών με αντικείμενα που θεραπεύει το Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής και Ηλεκτρονικών Συστημάτων. Το πρόγραμμα ακολουθεί τον κανονισμό διδακτορικών σπουδών του Τμήματος.
- ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΩΝ ΣΠΟΥΔΩΝ ΜΕ ΣΥΝΕΠΙΒΛΕΨΗ με το Τμήμα Αγωγής και Φροντίδας στην Πρώιμη Παιδική Ηλικία του ΔΙΠΑΕ, σε γνωστικά αντικείμενα εντός της ευρύτερης επιστημονικής περιοχής των δύο Τμημάτων. Το πρόγραμμα ακολουθεί το Ειδικό Πρωτόκολλο Συνεργασίας για εκπόνηση διδακτορικών διατριβών των δύο Τμημάτων και ειδικότερα το Μέρος Β.